Lors des grandes inondations de 1910, la pointe Nord de l’Ecole nationale vétérinaire d'Alfort est envahie par les eaux si bien qu'au cours des années suivantes, quelques points bas seront surélevés par d'énormes apports de mâchefer, ce qui oblige à creuser jusqu'à parfois un mètre de profondeur et à remblayer avec de la bonne terre pour pouvoir continuer la culture des plantes. Cette intervention a encore des conséquences aujourd'hui en limitant la qualité de certains sols de la parcelle.
Lors de la première guerre mondiale, l’École est occupée par les militaires français et le jardin devient un potager. Il ne s'agit que d'un premier outrage puisque, dès 1930, le jardin botanique a perdu environ 4 000 m² et se restreint à ce qui deviendra sa position actuelle.
Des étudiants en train d'herboriser, dans les années 1930
Le jardin botanique, peu avant la Seconde Guerre Mondiale
Le jardin est repris, en 1960, par un chef jardinier du Muséum d’histoire naturelle qui enseigne la botanique aux élèves de l’École et créé une graineterie.
Mais l'avenir du jardin est compromis par le développement des nouvelles thérapeutiques et surtout l'urbanisation. L'exode rural, la disparition de la traction animale en agriculture, le développement de la médecine des animaux de compagnie sont autant de facteurs de régression de la botanique dans les écoles vétérinaires. Symbole puissant, l'épreuve de diagnose des plantes au concours d'admission aux écoles vétérinaires disparait dans les années 1990. Du reste, dans les années 1970, le jardin a encore perdu 1 500 m² au profit de nouveaux bâtiments d’enseignement.
Il devient jardin de démonstration et le labyrinthe qui façonne ses allées est créé. De nombreuses espèces sont plantées dans le but de reconstituer les collections perdues.
Un « atelier » est organisé par l’Université Inter-Âges de Créteil en partenariat avec le jardin de l’EnvA. L’objectif de cette initiative est d’aider à la rénovation et à l’entretien du jardin tout en permettant la découverte du monde de la botanique et du naturalisme.
Les violentes tempêtes de décembre 1999 voient disparaître un Calocedrus decurens (cèdre à encens), un Morus alba (murier blanc), un Abiès concolor (sapin du Colorado) dans le jardin botanique et, dans le parc, un très beau Fraxinus ornus (Orne), un Gleditsia triacanthos (Févier d'Amérique) et un Populus nigra (peuplier noir).
En l’an 2000, l’Université Inter-Âges de Créteil créé un jardin ethno-botanique du Haut Moyen-Âge nommé "hortulus et herbiatus Honoré Fragonard".
À partir de 2002, le jardin botanique s’ouvre aux scolaires du Val-de-Marne avec la mise en oeuvre d’un projet pédagogique sous l’impulsion d'enseignants de pharmacie-toxicologie, puis la reprise du jardin botanique par un jardinier botaniste.
Le jardin botanique devrait connaître des transformations assez marquées. Un nouveau bâtiment devrait être construit en 2018-2019, qui amputera une nouvelle fois sa surface. En prévision de ce retrait, les équipes du jardin botanique ont créé à l'automne 2017 un nouvel espace situé dans ce qui sera demain la coulée verte de l'EnvA.
Un atelier pédagogique au jardin botanique
