La première salle est consacrée à l'anatomie comparée. Chaque vitrine traite d’un système anatomique et présente des organes similaires issus des principales espèces domestiques et de quelques animaux sauvages que les préparateurs ont eu l’opportunité de collecter. Ce système de comparaison entre espèces permettait, et permet toujours, aux étudiants d’apprendre l’anatomie d’animaux très différents. Par exemple, si on considère la dentition, une vitrine présente un très grand nombre de mâchoires de chiens, chevaux, bovins, petits ruminants… et d’homme, car notre espèce est souvent présente dans les vitrines.