La troisième salle est consacrée à la pathologie. Les centaines de lésions qui sont présentées au visiteur témoignent des conditions de vie et du statut sanitaire des animaux aux XIXe et XXe siècles. Les articulations déformées, arthrosiques, faisaient terriblement souffrir des bovins et des chevaux utilisés à des fins de traction ; leur vie était un long labeur où il leur fallait supporter, tout comme leurs maîtres, l'usure provoquée par le travail. Sous abreuvés du fait de l'absence d'eau courante, ils fabriquaient de volumineuses masses dans leur tube digestif, qui parfois les tuaient. Les maladies infectieuses avaient libre court en l'absence de toute vaccination et la moindre blessur pouvait donner lieu à des phlegmons mortels qu'aucun médicament n'était en situation de combattre.
